بیوتکنولوژی در صنایع غذایی از قدیمی ترین و پراهمیت ترین شاخه های بیوتکنولوژی به حساب می آید. به همین جهت فعالیت محوری پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی شمالغرب و غرب کشور این شاخه از بیوتکنولوژی انتخاب شده است. بیوتکنولوژی صنایع غذایی در تولید دامنه وسیعی از فرآورده ها و ترکیبات ازجمله تولید فراورده های تخمیری، تولید ترکیبات با ارزش مورد استفاده در صنایع غذایی، غذاها و ترکیبات فراسودمند (همانند پروبیوتیک ها) کاربرد دارد. طبیعتا این گستردگی در کاربرد دامنه وسیعی از زمینه های تحقیقاتی را به همراه دارد. با بررسی های به عمل آمده از نظر اهمیت علمی و کاربردی دو زمینه اساسی "بیوتکنولوژی ریزجلبک ها" و "بیوتکنولوژی باکتری های اسید لاکتیک" به عنوان اولویت تحقیقاتی بخش بیوتکنولوژی صنایع غذایی انتخاب شده است.